Использование молекулярных топологических дескрипторов для кластеризации базы данных производных изотиомочевины в рамках изучения зависимости структура — активность

Елена Петровна Андреева, Алексей Николаевич Прошин, Игорь Викторович Серков, Людмила Николаевна Петрова, Сергей Олегович Бачурин

Аннотация


Произведена успешная кластеризация базы данных производных S,N,N,N’-тетразамещенных изотиомочевин, обладающими нейропротекторными свойствами, с целью изучения количественной связи структура — активность. Кластеризация методом к-средних проводилась в факторном пространстве топологических дескрипторов с последующим объединением выделенных кластеров на основе анализа внутри- и межкластерных расстояний. Первоначальное число кластеров в методе к-средних определялось, исходя из количества итераций, за которое было получено решение. Для оценки однородности базы данных и выделенных кластеров использовался коэффициент разнообразия. Графическое представление соединений, входящих в базу данных, в виде точек факторного пространства позволяет сделать вывод об успешности данного метода.

Ключевые слова


кластеризация; топологические дескрипторы; производные изомочевины

Полный текст:

PDF

Литература


D. K. Agrafiotis, D. Bandyopadhyay, J. K. Wegner, and H. van Vlijmen, J. Chem. Inf. Model., 47, 1279 – 1293 (2007).

R. Guha and P. C. Jurs, J. Chem. Inf. Model, 45, 800 – 806 (2005).

D. M. Hawkins, S. C. Basak, and X. Shi, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 41, 663 – 670 (2001).

I. I. Baskin, V. A. Palyulin, N. S. Zefirov, J. Chem. Inf. Comp. Sci., 37(4), 715 – 721 (1997).

M. Kumar, K. Thurow, N. Stoll, R. Stoll, Eur. J. Med. Chem., 42, 675 – 685 (2007).

G. Downs and J. Barnard, in: Reviews in Computational Chemistry, vol. 18, Lipkowitz K. and Boyd D. (eds.), Wiley-VCH, New York (2002), pp. 1 – 40.

T. Varin, R. Bureau, Ch. Mueller and P. Willett, J. Mol. Graph. Model., 28(2), 187 – 195 (2009).

G. J. Niemi, in: Practical Applications of Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR) in Environmental Chemistry and Toxicology, W. Karcher and J. Devillers (eds.), Brussels and Luxembourg, (1990), pp. 153 – 169.

A. Smellie, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 44, 1929 – 1935 (2004).

S. V. Trepalin and A. V. Yarkov, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 41, 100 – 107 (2001).

G. L. Perlovich, A. N. Proshin, T. V. Volkova, et al., J. Med. Chem., 2(7), 1845 – 1852 (2009).

S. Bachurin, I. Baskin, V. Grigoriev, et al., Drug Fut., 29, Supp. A., 188 (2004).

R. Todeschini and V. Consonni, Handbook of Molecular Descriptors, Wiley-VCH Publishers, Weinheim (2000).

J. D. Holliday, S. L. Rodgers, P. Willett, et al., J. Chem. Inf. Comput. Sci., 44, 894 V. 902 (2004).

R. Stanforth, E. Kolossov and B. Mirkin, in: Selected Contributions in Data Analysis and Classification, P. Brito, P. Bertrand, G. Cucumel, F. de Carvalho (eds)., Springer, (2007), part II, pp. 225 – 233.




DOI: https://doi.org/10.30906/0023-1134-2017-51-4-20-29

Ссылки

  • На текущий момент ссылки отсутствуют.


 © Издательский дом «Фолиум», 1993–2019


Наши партнеры:

laboratorka.su     


Наши издания:
Подписаться на наши издания Вы можете через каталоги «Газеты. Журналы», сайт http://press.rosp.ru/ Агентства «Роспечать», а также в киосках «Роспечать» в Брянске, Владимире, Краснодаре, Рязани и Иркутске.Адрес редакции:
Россия, Москва, Дмитровское шоссе, 157
Адрес для переписки:
Россия, 127238, Москва, а/я 42
Тел.: +7 499 258-08-28 (доб. 18)
E-mail: chem@folium.ru