Веб-ресурсы для поиска и разработки новых лекарственных препаратов

Владислав Михайлович Беженцев, Дмитрий Сергеевич Дружиловский, Сергей Михайлович Иванов, Дмитрий Алексеевич Филимонов, Narahari G. Sastry, Владимир Васильевич Поройков

Аннотация


Основой современного поиска новых лекарственных препаратов является анализ информации о механизмах возникновения заболевания, молекулярных мишенях и фармакологических веществах, действие которых позволяет нормализовать патологический процесс. Наряду с многочисленными информационными биомедицинскими и химическими базами данных, в последнее время появилось большое число вычислительных ресурсов, позволяющих прогнозировать физико-химические свойства, биологическую активность, токсичность, метаболизм и другие характеристики органических соединений на ранних стадиях разработки лекарств. Легкость доступа к этой информации через всемирную сеть Интернет существенно расширяет возможности исследователя и одновременно ставит перед ним задачу выбора информационных и вычислительных ресурсов, наиболее адекватных поставленным задачам. В работе представлен обзор свободно-доступных через Интернет биомедицинских и химических веб-ресурсов и предложены рекомендации по их оптимальному использованию на различных стадиях поиска и разработки более эффективных и безопасных лекарственных средств.

Ключевые слова


новые лекарственные препараты; поиск; разработка; биомедицинские и химические базы данных; вычислительные веб-ресурсы; Интернет

Полный текст:

PDF

Литература


S. Mignani, S. Huber, H. Tomás, et al., Drug Discov. Today, 21(2), 239 – 249 (2016).

M. Hughes, J. Inglese, A. Kurtz, et al., Early drug discovery and development guidelines: for academic researchers, collaborators, and start-up companies. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK92015 (2016).

URL: http://pharma-2020.ru/

J. A. DiMasi, H. G. Grabowski, and R. W. Hansen, J. Health Econ., No. 47, 20 – 33 (2016).

URL: http://pharma-2020.ru/projects/pharmprom

C. G. Wermuth (ed.), The Practice of Medicinal Chemistry, Academic Press, Salt Lake City. USA (2015).

A. S. Ivanov, A. V. Veselovsky, A. V. Dubanov, V. S. Skvortsov, in: Methods in Molecular Biology, Vol. 316, Bioinformatics and Drug Discovery, R. S. Larson (ed.), Humana Press Inc., Totowa, NJ, USA (2006), pp. 389 – 431.

В. В. Авидон, Хим.-фарм. журн., 8(8), 22 – 25 (1974); Pharm. Chem. J., 8(8), 476 – 479 (1974).

В. В. Авидон, В. С. Аролович, В. Г. Блинова и др. Хим.-фарм. журн., 17(3), 321 – 324 (1983); Pharm. Chem. J., 17(3), 214 – 217 (1983).

P. M. Dean (ed.), Molecular Similarity in Drug Design, Blackie Academic & Professional, London (1995).

H. Kubinyi, J. Braz. Chem. Soc., 13(6), 717 – 726 (2002).

Y. C. Martin, J. L. Kofron, L. M. Traphagen, J. Med. Chem., 45(19), 4350 – 4358 (2002).

URL: http://www.chemnavigator.com.

P. N. Dube, S. N. Mokale, S. I. Shaikh, et al., Pharm. Chem. J., 49(2), 125 – 131 (2015).

А. Я. Герчиков, М. Н. Васильев, В. Р. Хайруллина и др., Хим.-фарм. журн., 49(9), 12 – 16 (2015); Pharm. Chem. J., 49(9), 582 – 586 (2015).

С. В. Печинский, А. Г. Курегян, А. А. Озеров, М. С. Новиков, Хим.-фарм. журн., 49(10), 140 – 143 (2015); Pharm. Chem. J., 49(10), 683 – 686 (2015).

R. Sharma, A. Tiwari, A. Parate, Pharm. Chem. J., 49(8), 537 – 542 (2015).

О. А. Раевский, С. В. Трепалин, В. Ю. Григорьев и др., Хим.-фарм. журн., 48(1), 30 – 32 (2014); Pharm. Chem. J., 48(1), 26 – 28 (2014).

А. А. Лагунин, Д. А. Филимонов, Т. А. Глориозова и др., Хим.-фарм. журн., 47(7), 1 – 21 (2013); Pharm. Chem. J., 47(7), 343 – 360 (2013).

G. Sliwoski, S. Kothiwale, J. Meiler, et al., Pharmacol. Rev., 66(1), 334 – 395 (2014).

URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

URL: https://www.ebi.ac.uk/chembl/

URL: http://www.disgenet.org/

URL: https://www.omim.org/

P. Csermely, T. Korcsmáros, H. J. Kiss, et al., Pharmacol. Ther., 138(3), 333 – 408 (2013).

URL: http://www.genome.jp/kegg/

URL: https://david.ncifcrf.gov/

P. Khatri, M. Sirota, A. J. Butte, PLoS Comput. Biol., 8(2), e1002375 (2012).

URL: http://cbdm-01.zdv.uni-mainz.de/~mschaefer/hippie/

URL: http://www.guidetopharmacology.org/

URL: http://pharos.nih.gov/

URL: http://juniper.health.unm.edu/tcrd/api.html

URL: http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/

F. Zhu, Z. Shi, C. Qin, et al., Nucleic Acids Res., 40(3), 1128 – 1136 (2012).

URL: http://www.rcsb.org/pdb/

URL: https://www.drugbank.ca/

D. Singla, S. K. Dhanda, J. S. Chauhan, et al., Cur. Top. Med. Chem., 13(10), 1172 – 1191 (2013).

A. A. Lagunin, R. K. Goel, D. Y.Gawande, et al., Natural Product Reports, 31(11), 1585 – 1611 (2014).

D. S. Wishart, C. Knox, A. C. Guo, et al., Nucleic Acids Res., 34, D668 – 672 (2006).

M. Kuhn, I. Letunic, L. J. Jensen, and P. Bork, Nucleic Acids Res., 44(D1), D1075 – 1079 (2015).

URL: http://sideeffects.embl.de/

S. Kim, P. A. Thiessen, E. E. Bolton, et al., Nucleic Acids Res., 44(D1), D1202 – D1213 (2016).

URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug rest/PUG_REST.html.

G. Papadatos, A. Gaulton, A. Hersey, J. P. Overington, J. Comput. Aided. Mol. Des., 29(9), 885 – 896 (2015).

URL: https://www.ebi.ac.uk/chembl/ws

https://www.ebi.ac.uk/chebi/

J. Hastings, P. de Matos, A. Dekker, et al., Nucl. Acids Res., 41(D1), D456 – D463 (2012).

URL: https://www.ebi.ac.uk/chebi/aboutChebiForward.do

URL: http://www.chemspider.com/

A. Williams, V. Tkachenko, J. Comput. Aided Mol. Des., 28(10), 1023 – 1030 (2014).

URL: http://www.chemspider.com/

UEL: http://zinc.docking.org/

URL: https://www.molport.com/

URL: http://www.ibscreen.com/

URL: http://www.chembridge.com/

URL: http://www.vcclab.org/

I. V. Tetko, J. Gasteiger, R. Todeschini, et al., J. Comput. Aided Mol Des., 19(6), 453 – 463 (2005).

URL: https://chembench.mml.unc.edu/

T. Walker, C. M. Grulke, D. Pozefsky, A. Tropsha, Bioinformatics, 26(23), 3000 – 3001 (2010).

URL: http://mpds.osdd.net.

C. W. Yap, J. Comput. Chem., 32(7), 1466 – 1474 (2011).

C. Steinbeck, Y. Han, S. Kuhn, et al., J. Chem. Inf. Comput. Sci., 43(2), 493 – 500 (2003).

M. J. Vainio and M. S. Johnson, J. Chem. Inf. Model., 45(6), 1953 – 1961 (2005).

URL: http://svmlight.joachims.org/

O. Trott and A. J. Olson, J. Comput. Chem., 31(2), 455 – 461 (2010).

URL: http://www.way2drug.com.

Т. А. Глориозова, Д. А. Филимонов, А. А. Лагунин, В. В. Поройков, Хим.-фарм. журн., 32(12), 32 – 39 (1998); Pharm. Chem. J., 32(12), 656 – 657 (1998).

A. Lagunin, A. Stepanchikova, D. Filimonov, V. Poroikov, Bioinformatics, 16(8), 747 – 748 (2000).

А. В. Садым, А. А. Лагунин, Д. А. Филимонов, В. В. Поройков, Хим.-фарм. журн., 36(10), 21 – 26 (2002); Pharm. Chem. J., 36(10), 535 – 537 (2002).

A. Geronikaki, D. Druzhilovsky, A. Zakharov, V. Poroikov, SAR QSAR Environ. Res., 19(1 – 2), 27 – 38 (2008).

D. A. Filimonov, A. A. Lagunin, T. A. Gloriozova, et al., Chem. Heterocycl. Compd., 50(3), 444 – 457 (2014).

URL: http://www.way2drug.com/PASSOnline/reference.php.

K. Anusevicius, V. Mickevicius, M. Stasevych, et al., Res. Chem. Intermed., 41(10), 7517 – 7540 (2015).

Д. С. Дружиловский, А. В. Рудик, Д. А. Филимонов и др., Известия Академии наук. Сер. хим., 65(2), 384 – 393 (2016).

D. A. Filimonov, A. V. Zakharov, A. A. Lagunin, V. V. Poroikov, SAR and QSAR Environ. Res., 20(7 – 8), 679 – 709 (2009).

A. Lagunin, A. Zakharov, D. Filimonov, V. Poroikov, Mol. Informatics, 30(2 – 3), 241 – 250 (2011).

A. V. Zakharov, A. A. Lagunin, D. A. Filimonov, V. V. Poroikov, Chem. Res. Toxicol., 25(11), 2378 – 2385 (2012).

P. V. Pogodin, A. A. Lagunin, D. A. Filimonov, V. V. Poroikov, SAR and QSAR Environ. Res., 26(10), 783 – 793 (2015).

V. Konova, A. Lagunin, P. Pogodin, E. Kolotova, et al., SAR and QSAR Environ. Res., 26(7 – 9), 595 – 604 (2015).

URL: http://way2drug.com/mg.

V. Poroikov, Molecular Inform., 34(6 – 7), 340 (2015).

T. Lengauer (ed.), Bioinformatics — From Genomes to Drugs, 2nd ed., Wiley-VCH Verlag GmbH, Mannheim, Germany (2004).

C. Auffray, D. Charrin, L. Hood, Genome Med., 2(8), 57 (2010).

L. Hood, C. Auffray, Genome Med., 5(12), 110 (2013).

A. J. Williams, S. Ekins, V. Tkachenko, Drug Discov. Today, 17(13 – 14), 685 – 701 (2012).

C. Kramer, T. Kalliokoski, P. Gedeck, A. Vulpetti, J. Med. Chem., 55(11), 5165 – 5173 (2012).

O. A. Tarasova, A. F. Urusova, D. A. Filimonov, et al., J. Chem. Inf. Model., 55(7), 1388 – 1399 (2015).

I. V. Tetko, O. Engkvist, H. Chen, Future Med. Chem., 8(15), 1801 – 1806 (2016).

S. M. Ivanov, A. A. Lagunin, V. V. Poroikov, Drug Discov. Today, 21(1), 58 – 71 (2016).

I. V. Tetko, U. Maran, A. Tropsha, Mol Inform., 2016 Oct 25; doi: 10.1002/minf.201600082 [Epub ahead of print] (2016).




DOI: https://doi.org/10.30906/0023-1134-2017-51-2-3-11

Ссылки

  • На текущий момент ссылки отсутствуют.


 Издательский дом «Фолиум», 1993–2023

Наши партнеры:

laboratorka.su        

Наши издания:
Подписаться на наши издания Вы можете через почтовые каталоги агентства «Роспечать» и Объединенный каталог «Пресса России», а также на сайтах агентств «УП Урал Пресс», «Информнаука», «Прессинформ» и «Профиздат»Адрес редакции:
Россия, Москва, Дмитровское шоссе, 157
Тел.: +7 499 258-08-28 (доб. 18)
E-mail: chem@folium.ru