Структурные факторы, определяющие селективность связывания антибактериального препарата триметоприма с дигидрофолатредуктазой

Аннотация

Методом многомерной спектроскопии ЯМР исследовано строение комплекса антибактериального препарата триметоприма с мишенью его действия, ферментом дигидрофолатредуктазой (ДГФР) Lactobacillus casei. На основе измеренных экспериментальных параметров: ядерных эффектов Оверхаузера, констант спин-спинового взаимодействия и остаточных диполь-дипольных констант рассчитано семейство 33 структур высокого разрешения указанного комплекса в растворе. Определены ключевые взаимодействия, обеспечивающие прочное связывание препарата с ферментом. Проведено сравнение полученных структурных данных с рассчитанными ранее структурами тройного комплекса триметоприма и кофермента НАДФН с бактериальной (L. casei) и человеческой формами ДГФР. Обсуждаются наиболее вероятные причины кооперативного взаимодействия триметоприма и НАДФН, определяющего высокоселективное связывание препарата с бактериальными формами фермента, в частности изменение конформации белка при переходе от бинарного к тройному комплексу ДГФР.